• La Biochimie


    La Biochimie, c'est quoi ? (UE1)

     

    Selon Wikipédia : "La biochimie est la discipline scientifique qui étudie les réactions chimiques ayant lieu au sein du vivant et par conséquent, au sein des cellules. Elle se divise en deux groupes : la biochimie statique (étudie la composition et les propriétés physico-chimiques) et la biochimie dynamique (étudie les transformations et les réactions chimiques)"  

    Bah, de toute façon, c'est dur à définir une matière, non ? 

     

    La Biochimie (A TERMINER)

     


    I) Introduction :

    La vraie appellation de cette matière est : Atomes, Biomolécules, génome, bioénergétique, Métabolisme. Un peu long hein ? Ouais vous avez raison. Bioch' c'est bien mieux. 

    Comme nous l'avons vu précédemment, la Bioch représente 100 points sur 640 et 10 ECTS sut 60. Sachant que vous avez en tout 12 matières (ou 11 si on regroupe la physique des deux semestres), nous pouvons affirmer que c'est une des matières les plus importantes de l'année. 

    Vous aurez quelques calculs à faire dans cette matière, mais rien de bien compliqué au niveau mathématiques. Là où vous allez vous arracher les cheveux, c'est quand vous devrez apprendre la structure de chaque molécule... Eh ouais. Les glucides, les lipides, les acides aminés, tout ça c'est à connaître ! Tout ça, entre autres, naturellement, le programme ne s'arrête pas là. 

    En parlant de programme ? 

    II) Le Programme :

    L’atome :

    - Classification périodique des éléments
    - Représentation et configuration électronique
    - S
    tructure du noyau atomique 
    - Liaisons entre atomes et notions d’isomérie : 
                  Liaisons et orbitales moléculaires
                  Liaisons non covalentes
                  Liaisons covalentes
                  Effets inductifs, résonance et mésomérie
                  Stéréochimie

    Thermodynamique :

    - Equilibre de dissociation (deuxième principe, enthalpie, potentiel chimique)

    Description des fonctions chimiques simples :

    - Chaînes hydrocarbonées
    Fonctions hydroxyles et dérivés
    Fonctions amines et dérivés
    Fonctions aldéhydes ou cétones
    Fonctions acides carboxyliques et dérivés

    Principales réactions entre fonctions chimiques en biologie :

    - Réactions acide-base
    Réactions d’oxydoréduction
    Description des principaux mécanismes réactionnels : substitution, addition, élimination
    Exemples de réactions de fonctions chimiques des molécules biologiques : alcools, amines, thiols, aldéhydes et cétones, carboxyles

    Structure, diversité et fonction des biomolécules :

    - Acides aminés et dérivés :
                  Structure et propriétés des AA
                  Propriétés et rôle biologique des dérivés d’acides 
    aminés
                  Méthodes d’étude

    Peptides et protéines :
                  Structure primaire et liaison peptidique
                  Structures secondaires, tertiaire et quaternaire des 
    protéines
                  Propriétés et méthodes d’étude des protéines
                  Relation structure-fonction

    - Enzymes :
                  Pouvoir catalytique et cinétique des enzymes
                  Régulation de l’activité des enzymes
                  Les iso enzymes et 
    leur intérêt en biologie
                  Mesure de l’activité des enzymes
                  Coenzymes et vitamines

    - Glucides :
                  ♥ Oses simples ou monosaccharides 
                  ♥ Oses complexes ou polysaccharides
                  ♥ Glycoprotéines et glycolipides 
                  ♥ Un exemple de voie métabolique des oses : la glycolyse

    - Lipides :
                  ♥ Acides gras et dérivés : structure, rôle biologique
                  ♥ Glycérides
                  ♥ Stérols et stéroïdes
                  ♥ Lipoprotéines et rôle biologique

    Organisation, évolution et fonction du génome humain :

    - Structure et métabolisme des nucléotides
    - Structure des acides nucléiques
    - Chromatine et A.D.N.
    - Réplication de 
    l’A.D.N. et mécanismes de réparation
    - Mutabilité et dynamique de l’A.D.N.
    - Structure et diversité du génome (allèle et polymorphisme)
    - Lésions et remaniements du génome
    - Transcription et 
    maturation des A.R.N.m
    - Régulation de l’expression des gènes
    - Code génétique et traduction

    Bioénergétique :
                  ♥ Énergétique cellulaire et notions de bioénergétique
                  ♥ Fonction biochimique et rôle des nucléotides 
    riches en énergie

    Vue d’ensemble du métabolisme :
                  ♥ Principales voies et stratégies du métabolisme énergétique
                  ♥ Les oxydations phosphorylantes et le cycle de Krebs
                  ♥ Digestion des glucides et glycolyse
                  ♥ Néoglucogenèse et métabolisme du glycogène
                  ♥ Digestion et transport des lipides
                  ♥ βoxydation des acides gras
                  ♥ Biosynthèse des acides gras et cétogénèse
                  ♥ Métabolisme général des acides aminés et 
    cycle de l’urée

    IIITu veux t'avancer

    Bon alors moi, je te conseille fortement de prendre des VRAIS VACANCES avant de te lancer dans cette aventure plutôt désagréable... Ou à la limite de réviser tes chapitres de terminale et première et de laisser le programme de PACES pour quand tu seras en PACES.
    Mais je sais que toi, futur bizuth derrière ton écran, tu penses qu'il vaut mieux commencer les cours pendant que tu as encoire un peu de temps pour ne pas prendre trop de retard à la rentrée. C'est tout à ton honneur, mais je ne suis pas sûre que ça soit une bonne idée... SOIT ! Il vaut mieux apprendre par soi-même.

    • Si tu veux réviser tes cours du lycée, tu peux oublier l'anglais, l'histoire-géo, la philo, le français, le sport, l'espagnol, l'allemand ou je ne sais quelle matière... Tu dois te concentrer sur les maths, la physique-chimie, et la biologie ! (attention, la géologie ne te sert à rien non plus)
      Vu que ce chapitre concerne la chimie, et vu que je me souviens à peu près de ce que j'ai fait au lycée (même si il y a eu une réforme entre temps, ça n'a pas du beaucoup changer...) voici les chapitres que tu peux revoir :
      - Chimie organique, avec la représentation de Lewis qui prend en compte les électrons de valence et tout le blabla, et avec les familles de fonctions (oui les machins incompréhensibles qui te donnaient des 2-bromo-3,6-diméthylnonane ou des trucs dans le genre)
      - Réactions acido-basiques et d'oxydo-réduction.
      - Attention, ça c'est peut être plus en Bio que tu l'as vu : Tout ce qui concerne l'ADN, les nucléotides, la transcription, la traduction... etc, tu dois tout connaître par coeur. Et révise ta méïose pendant que tu y es !

    •  Si tu considères que tu connais déjà par  tes cours de première et terminale, tu peux t'avancer en apprenant ça : 
      - Les 4 premières périodes du tableau périodique des éléments (de l'Hydrogène au Krypton), tu dois savoir à quelle famille ils appartiennent (alcalins, gaz rares.. etc), à quelle périodes ils se trouvent (la ligne), combien d'électrons ils ont (leur numéro atomique) et... Pour le moment ça suffira. 
      - Les 20 Acides Aminés classiques (A, R, D, N, C, E, Q, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V). Tu dois connaître leur nom (Ex : Alanine), leur code trois lettres (Ex : Ala), leur abréviation 1 lettre (Ex : A) et leur structure (Ex : C3H7NO2) ce qui donnerait en fait : 

     

    La Biochimie (A TERMINER)
    Désolée, l'image est tirée d'une vidéo de mes cours, d'où la piètre qualitée.

    IVLes moyens mnémotechniques :

    • Pour le tableau périodique des éléments :
      - 1° période : Pas compliqué y'a que l'hydrogène et l'hélium.
      - 2° période : Lily Beche Bien Chez Notre Oncle Ferdinand Nestor.
      - 3° période : Napoléon Mange Allégrement Six Poissons Sans se Claquer d'Articulations. 
      - 4° période : Kevin Cale son Scrotum Titanesque dans le Vagin Crasseux de  Monique Fievreuse. 
           La dernière phrase ne couvre que la moitié de la 4° période. Pour l'autre moitié, je vous conseille de faire votre propre phrase.
    • Il existe des moyens mnémotechniques pour retenir les Acides Aminés (AA) également, mais ça nécessite de connaître leurs différentes familles... Si vous les voulez, vous pouvez toujours m'envoyer un mail ou laisser un commentaire. Mais vu que cet article est destiné à des futurs bizuths, ça ne sert à rien que je les mette ici, ça ne serait pas approprié. 

    ---------------------------------------------------------------------------------------------------

    J'ai mis un trait parce que c'est la fin de l'article. Haha. 

     

     

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  • Commentaires

    1
    Liilou2b Profil de Liilou2b
    Dimanche 9 Juin 2013 à 11:03

    Tu regroupes même la chimie et la biologie moléculaire sous le nom de biochimie ?

    Nous tout ce qui est : atome, thermo, réactions, et fonctions chimiques c'est chimie et chimie organique 

    Toute la partie protéines (AA), Glucides, lipides, enzymes, métabolisme c'est biochimie

    Et enfin la dernière partie sur le génome humain c'est la biologie moléculaire

    Et chez nous pas besoin de connaitre la classification périodique, on nous a donné des façons de la connaître sans l'apprendre et concernant les acides aminés on a juste besoin de connaître leur nom, leur abréviation et juste à quel pH ils sont ionisés (et évidemment quel groupe s'ionise mais on connait pas la molécule entière)

    2
    LilyGrey Profil de LilyGrey
    Dimanche 9 Juin 2013 à 17:00

    Ah ouais ? ^^ Mais vous devez avoir des millions de matières !

    3
    Liilou2b Profil de Liilou2b
    Lundi 10 Juin 2013 à 11:23

    Euh pas tant que ça, c'est regroupé dans l'UE1 aussi et pour moi c'est mieux quand c'est "cloisonné" j'arrive mieux à organiser les matières dans mon esprits, d'ailleurs si tu vois mes classeurs c'est tout bien rangé 

    C'est comme en UE2, c'est divisé en biologie cellulaire, embryologie et histologie

    4
    LilyGrey Profil de LilyGrey
    Lundi 10 Juin 2013 à 21:17

    Ah ouiiii d'accord je comprends mieux ! 

    Bah comme tu peux le voir dans cet article, nous aussi c'est assez "cloisoné". Après Biochimie, c'est juste que c'est plus simple à dire que "Atomes, Biomolécules, génome, bioénergétique, Métabolisme" mais on l'appelle UE1 en général cette matière. 

    Regarde, y'a plein de sous parties : Atome, thermo, fonctions chimique (chimie orga) et tout ça =) 

    5
    Liilou2b Profil de Liilou2b
    Mardi 11 Juin 2013 à 10:59

    Oui je vois je vois 

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      Commentaire :


    6
    Leslip
    Mardi 30 Juillet 2013 à 12:36

    Moi j'veux bien tes moyens mnémotechniques pour retenir les Acides Aminés Please :) 

    7
    LilyGrey Profil de LilyGrey
    Jeudi 1er Août 2013 à 23:29

    Très bien, je te passe ça demain ^^ là j'ai envie d'aller me coucher (j'ai un énoooorme rhume pas beau). Si j'oublie n'hésite pas à me le rapeler ! :D

    8
    LilyGrey Profil de LilyGrey
    Vendredi 2 Août 2013 à 12:20

    Bon alors, choses promies choses dues ! 

    Pour nous faire le cours sur les acides aminés, on les avait découpés en 3 groupes : 
    1- Les AA apolaires, 
    2- Les AA polaires non ionisables, 
    3- Et les AA polaires ionisables. 

    Le premier groupe est constitué des AA suivants : 
    Glycine (Gly), Alanine (Ala), Valine (Val), Leucine (Leu), Isoleucine (Ile), Methionine (Met), Proline (Pro), Phénilalanine (Phe), Tryptophane (Trp).
    Ce qui nous fait une phrase mnémotechnique :
    GLYsse ALA VAL LEU vILEain en MET PRO PHEssionnellement TRP.
    Soit "Glisse à l'aval le vilain en met professionnellement trop". Oui ça veut rien dire mais bon, j'ai pas trouvé mieux ^^' 

    Le deuxième groupe : 
    Serine (Ser),
      Thréonine (Thr), Tyrosine (Tyr), Asparagine (Asn), Glutamine (Gln), Cystéine (Cys).
    Ce qui nous fait :
    SER toi THRop de la TYRolienne ASseNa GLeN, aCYS. 
    Ou bien "Sers-toi trop de la tyrolienne, asséna Glen, assis."

    Et le troisième :
    Histidine (His),  Lysine (Lys), Acide Glutamique (Glu), Acide Aspartique (Asp), Arginine (Arg).
    Voilà la phrase :
    C'est l'HIStoire d'un LYS GLUant et d'une ASPerge ARGentée. 
    Ce qui se traduit aisément par : "C'est l'histoire d'un lys gluant et d'une asperge argentée."

     

    Voilà ! J'espère que c'est pas trop confus ^^' 
    Si ces phrases ne te conviennent pas, tu peux t'en faire d'autres à toi, c'est encore le plus efficace pour retenir ses cours. Ou alors tu peux en trouver d'autres sur internet si tu cherches un peu je pense ! 

    9
    Leslip
    Dimanche 4 Août 2013 à 15:24

    Haaa merci tu me sauves la vie ! Ma prepa m'a envoyé une feuille avec tous les acides aminés à apprendre pour le stage de pré-rentrée qui commence le 19 aout donc ces phrases vont bien m'aider ! :) D'ailleurs merci aussi pour les phrases qui permettent d'apprendre les 4 premières périodes du tableau périodique, ça m'a facilité la vie ! 

    J'ai une question : Est-ce que "AA polaires non ionisables" veut dire la meme chose que "AA polaires à chaines latérales neutre à pH physiologique" ? Car sur la feuille qu'ils m'ont envoyé, la Sérine, Thréonine, Tyrosine, Asparagine, Glutamine et Cystéine sont classés dans le groupe "AA polaires à chaines latérales neutre à pH physiologique" . C'est pas grave si t'en sais rien, je demande car pour moi c'est un peu du chinois tout ça ;) 

     

    Merci encore ! :) 

    10
    LilyGrey Profil de LilyGrey
    Dimanche 4 Août 2013 à 23:23

    De rien c'est normal 

     

    Alors, la bioch c'est tres loin dans ma mémoire, et le ph c'est pas ma partie préférée, mais tu as de la chance je peux te répondre 

    Tu sais ce que c'est un ion, c'est un atome ou une molécule chargée positivement ou négativement. Non ionisable veut donc dire que la molécule ne peut pas prendre de charge. Et donc, qu'elle est neutre. Donc oui c'est bien la même chose ^^ 

    Je vais t'éclairer un peu sur les termes utilisés dans ta fiche. Ca sert à rien d'apprendre ce qu'on ne comprend pas. 
    La chaîne latérale d'un AA est sa partie variable. Parce que tu as sûrement remarqué qu'il y a toujours un carbone entouré d'un un H, d'un COOH et d'un NH2 => ça c'est la partie invariable. 
    Neutre, donc, c'est qui n'est pas chargé. 
    pH physiologique : en gros c'est le pH de ton corps qui équivaut à peu près à 7.4 si mes souvenirs sont bons =) (après ça varie selon le lieu hein, genre dans ton estomac c'est entre 2 et  3 !)

     

    Voili voilou ! D'autres questions ? 

     

    11
    Leslip
    Mardi 6 Août 2013 à 23:39

    Ah oui là c'est plus clair ! :) Tu compte faire tutrice au tut' ou pas ? Parce que t'explique super bien :) 

    Du coup non j'ai pas d'autres questions, mais j'reviendrai si je trouve de quoi t'embeter ;) (haha je rigole hein je vais pas t'embeter :p) 

     

    Mercii :)

    12
    LilyGrey Profil de LilyGrey
    Mercredi 7 Août 2013 à 12:54

    Haha merci ! ^^ 

    Je sais pas j'y ai pas encore réfléchi ! J'attends de terminer ma deuxième PACES déjà =) on verra après, mais c'est une éventualité ! 

    N"hésites pas ;)

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